Antes de la conquista española, vivían en esta zona los indígenas, a orillas de un angosto y tortuoso curso de agua al que llamaban Hum y que hoy conocemos como Río Negro. Mucho tiempo después, el 16 de noviembre de 1853, el general José Gregorio Suárez fundó allí una población, entre tierras que donó el mismo y un estanciero de la zona Juan Cardozo. Se llamó Gregorio en homenaje a su fundador, mediante la alusión a un santo católico de acuerdo con la costumbre española. Se agregó «de Polanco» porque el paraje era conocido desde antes como «Paso de Polanco». Fue sin duda el vado más frecuentado en las rutas que unían el norte y el sur del país: todavía el Río Negro era en ese lugar un fino hilo de agua…
La represa «Dr. Gabriel Terra», en Rincón del Bonete, inundó en 1945 las zonas bajas cercanas y cambió el paisaje de San Gregorio.2 Desde entonces, el Hum de los indígenas se ensanchó, formando un gran lago de límpidas aguas azules, en el que se reflejan hermosos atardeceres y se creó el balneario.
Ese espejo de agua, que tiene unas ciento vente mil hectáreas de extensión, con kilómetros de blancas arenas que rodean la península, ofrece a turistas y lugareños un escenario ideal para disfrutar el sol y el agua durante el verano, pero también admirar el paisaje en cualquier época del año.
San Gregorio de Polanco fue declarada villa en 1963 y ciudad en 1995.